MovableTypeで出力ファイルの文字コードを変更する方法についてです。

1.PublishCharsetで文字コード指定

MTで使用される文字コードを変更する場合は「mt-config.cgi」にのように記述します。
■例：Shift-JIS
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PublishCharset Shift_JIS
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注意点
・DBに保存されるデータの文字コードもShift-JISになる
・MTの全てのブログに適当される

2.「TransEncoding」プラグインを利用

詳しい設定方法はこちら
■スカイアークシステムのサイト
http://www.skyarc.co.jp/engineerblog/entry/2979.html
※「プラグインご利用の際の注意事項」を必ず読んでください。

どちらも似たような機能ですが場合により使い分けると良いと思います。